静岡の生命科学関係の勉強会である Shizuoka.ngs の第一回目に参加してきました。ガチ初心者でも大丈夫とのことで、本当に生命科学ガチ初心者の自分が言ったらどうなるか体験してきました。
（ちなみに、静岡の東部方面は生命科学やバイオ系企業の拠点があり、 Shizuoka.py の参加者もそちらの方からよく来られています）
ハンズオンの様子は、@bonohu さんがまとめてくださったTwitterのモーメントをそのままリンクしておきます。
ガチ初心者な自分が本当に初心者な質問もあってちょっと恥ずかしい。。
RNAの量やタンパク質の量は環境や時間などの影響で割と変動しがちです。一方で遺伝情報は基本的に不変です。
— じょん (@no85j) 2018年6月30日
ハンズオンの資料はこちらですが、内容に従えばグラフなども見れますし楽しめます。ただマシンスペックはそれなりに必要のようです。
vol1/RNA-Seq-Data-Analysis-for-Beginners.md at master · shizuoka-ngs/vol1
内容としては、「ヒトのCell line RCC4で低酸素ストレス状態のサンプルと、VHLをレスキューしたサンプルをkallistoで定量し発現解析を行います。」 とのことで ある状態のヒトのRNA(DNAから細胞を作る橋渡し的なもの）を比較をするようです。
（残念ながら何がどう違うかは言い表せるほど理解まで出来ず。）
出来上がったグラフはそれらしいものが出来たようです。
最後までやるとこんな感じ？ #shizuokangs pic.twitter.com/xtPaZI1I0v
— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) 2018年6月30日
ハンズオンの環境としては、miniconda(+jupyter notebook)を入れる ようで、別環境を用意しようと Parallels Desktop+仮想マシン上にmacOS を入れて作業していましたが、データの解析などのコマンドでは周りの方よりやや遅めでした。なんとかハンズオン自体は最後まで終えることが出来ました。皆様ありがとうございました。
こういったDNAやRNAのデータ分析はつい昔は一晩ぐらいもかかることが常識だったようですが、 最近では（仮想マシンでも）ものの数分で終わるようで、ハードウェアの進歩を改めて感じることが出来ますね。 最近ではデータ解析を行うソフトウェアの進歩もあり、現代のノートブックレベルの性能でもものの数分で済ませれるようです。(追記:コメント)にて 連絡いただきましたので修正。ハードウェアというよりソフトウェアの進歩が正しいそうです。)
kallisto quant、MBAで2core使って5分 #shizuokangs
— こーち (@tkochi0603) 2018年6月30日
昔一晩かかった作業が数分ですよ・・・#shizuokangs
— じょん (@no85j) 2018年6月30日
雑感
懇親会にも参加してきましたが、ビールとお肉が美味しいお店で夏にピッタリでしたね。終わりは少しカオスな様相でしたがｗ
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— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) 2018年6月30日
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— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) 2018年6月30日
特にこのベーコン美味しかったです。これだけ食べにまた行きたい。
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— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) 2018年6月30日
デザートもなかなかでした。
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— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) 2018年6月30日
二次会は少しだけ参加しましたが、静岡おでん美味しいお店を知れたのは良かった。
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— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) 2018年6月30日
懇親会の終盤に、遺伝学のドライとウェットって何が違うの？を聞いてみたのですが、ウェットはいわゆる細胞などの化学的な実験で液体をよく使うので「ウェット」, ドライはウェット系の実験で得た情報をデータ解析して研究する「ドライ」 と、対比な言葉に見えて意外と違う事を知ることに。
（参考:膨大な生物データから，生命のシステムを解く - 学科の教育メニュー - 東京大学 大学院理学系研究科・理学部 ）
というわけで、Shizuoka.ngs初参加で楽しんでまいりました。次回も開催されるようなのでチャンスがあれば参加してみます。
生命科学の一旦を見ることができるのも十分面白いですし、データ分析に興味がある方にもおすすめです。
| 次世代シークエンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊) | |
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| Dr. Bonoの生命科学データ解析 | |
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おまけ
二次会でこういうサイエンス向けのオープンハードウェアの話が聞けてよかった。一家に一台も夢ではないですね。
サーマルサイクラー（DNA増幅器）組み立てキット「NinjaPCR」 | fabcross
後、最近3Dプリンタの精度も良いらしい話も教えてもらいました。また1台買いたくなってきてしまった。。
最大造形サイズ300×300×400mmで6万円から——ボンサイラボ、大型FFF方式3Dプリンター「CR-10Sシリーズ」発売 | fabcross
あとハンズオン中に出てきた豆知識ですが、アルコール代謝も実は遺伝で決まっていて、代謝できるヒトの遺伝情報を引き継げればそれなりに代謝できるようですが、日本人は代謝できる遺伝子を持つ方の母数がそれほど多くないようです。
アルコール代謝も父母から引き継いだ遺伝子で決まる。欧米人はほとんど代謝できる遺伝子を持ってるけど日本人はそれほど多くない。 #shizuokangs
— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) 2018年6月30日
そういえばニュース見ましたが、日本人のアルコール代謝できる方は減ってるらしい？
日本人はお酒に弱くなるよう進化してきた――遺伝子情報から判明 - ねとらぼ 酒に弱い日本人が増えるよう「進化」 遺伝情報から判明：朝日新聞デジタル
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