Sublime Text 2を使い始めました。Notepad++から移行できればお金払いたいところですね。

Linuxの日本語入力もどうにかなってほしいのですが、方法はあるらしいのでそれで凌ぐことにして

シンタックスハイライトを特定の拡張子にデフォルトで適応させる方法は至って簡単です。

sublimetext - How to customise file type to syntax associations in Sublime 2? - Stack Overflow の通り

ハイライトを指定したいファイルを開いて（拡張子をつけてるファイルで）

View -> Syntax -> Open all with current extension as ...

by : http://stackoverflow.com/questions/8088475/how-to-customise-file-type-to-syntax-associations-in-sublime-2/8104764#8104764

現在開いているファイルの拡張子に適応され、次からその拡張子は同じハイライトがされているという感じです。
設定は

Preferences -> Setting - More -> Syntax Specific - Default

で見れます。

指定した言語のシンタックスハイライトの設定ファイルが現れて、その中に先ほど追加した拡張子が乗っているはずです。
ファイルなので、これらをバックアップしておけばどこでも使えますね。